В скачанной развёртке оказались незамкнутыми контуры многих деталей.
Также, не сходятся к одной вершине линии сгиба.
В приложенном скриншоте выделил такие места.
В Designer`е не нашёл возможности двигать вершины.
Можно ли как-то исправить это в программе?
Или только руками по ходу склейки модели?

https://dl.dropboxusercontent.com/u/36851720/Pepakura%20Designer%203_.png

Сталкивался с такой проблемой только с foam развертками. Мб, если развертка не большая ее можно попробовать переразвернуть. Скинь саму pdoшку.